Для того чтобы отменить все ранее созданные группы во всех слоях карты, следует:

Чтобы отменить группу только в одном слое надо в списке загруженных слоев, напротив слоя, в котором требуется отменить группу нажать кнопку . Так же данная кнопка доступна в списке слоев карты (Карта|Слои).

Отмена группы соответствует методу Layer.Selection.Clear.